Muzium Melaka pertama yang lebih dikenali sebagai Sekolah Gambar mula beroperasi pada tahun 1954 hasil usaha dan kerja keras pegawai British dan Rakyat tempatan melalui Persatuan Sejarah Melaka dan bantuan bahan dari Muzium Negara dan terletak di Jalan Kota, Melaka. 

Di bawah Enakmen Lembaga Muzium Melaka 1954 pelbagai usaha dijalankan termasuklah mengumpul dan mempamerkan koleksi sejarah dan warisan budaya Melaka untuk tatapan rakyat tempatan dan pelancong asing yang mengunjunginya. Pentadbiran harian dikendalikan oleh seorang berjawatan Setiausaha secara sukarela dengan kakitangan pengawas yang diambil dari kalangan anak jati Melaka yang bertugas di Muzium Negara, Kuala Lumpur. 

Pindaan Enakmen dibuat pada tahun 1984 bagi membolehkan bidang permuziuman diperluas dengan pengujudan Ketua Eksekutif Lembaga Muzium Melaka iaitu Kurator. 

Selaras dengan aspirasi kerajaan negeri agar bidang permuziuman dipergiat seiring Melaka sebagai sebuah negeri yang kaya dengan warisan sejarah, maka pindaan Enakmen dibuat iaitu Enakmen Perbadanan Muzium Melaka bil. 11 tahun 1992 yang berkuatkuasa pada 1 Mac 1993. 

Penubuhan ini juga membolehkan Ketua Eksekutif dipinda kepada Pengurus Besar dan ini membolehkan Perbadanan Muzium Melaka (PERZIM) menjadi sebuah badan korporat yang dapat memajukan bidang permuziuman dalam konteks pembangunan pendidikan dan pelancongan.